Το Μινωικό Ανάκτορο της Κνωσού είναι ο πιο δημοφιλής αρχαιολογικός χώρος της Κρήτης και προσελκύει χιλιάδες επισκεπτών καθ’ όλη την διάρκεια του έτους. Βρίσκεται 23 χιλιόμετρα νοτιοδυτικά του Κουτουλουφαρίου και 8 χιλιόμετρα νοτιοδυτικά της πόλης του Ηρακλείου. Η Κνωσός υπήρξε το σημαντικότερο διοικητικό, θρησκευτικό και πολιτικό κέντρο του Μινωικού πολιτισμού, ο οποίος άνθησε στην Κρήτη κατά την Εποχή του Χαλκού. Το ανάκτορο εκτείνεται σε μία περιοχή 24.000 μ2 και εικάζεται ότι διέθετε 1.300 δωμάτια, ενώ οι τοίχοι του ήταν διακοσμημένοι με πολύχρωμες τοιχογραφίες, αρκετές από τις οποίες έχουν συντηρηθεί και είναι ορατές μέχρι και σήμερα. Η Κνωσός είναι επίσης γνωστή για τον θρύλο του Μινωταύρου. Ο Μινώταυρος, μισός άνθρωπος και μισός ταύρος, ήταν αιχμάλωτος του βασιλιά Μίνωα μέσα στον λαβύρινθο που είχε κατασκευαστεί από τον τεχνίτη Δαίδαλο.
Το Μινωικό Ανάκτορο της Φαιστού βρίσκεται 87 χιλιόμετρα νοτιοδυτικά του Κουτουλουφαρίου. Η Φαιστός, μία από τις τρεις πόλεις που ίδρυσε ο βασιλιάς Μίνωας, υπήρξε σημαντικό κέντρο του Μινωικού πολιτισμού και η πιο εύρωστη πόλη στο νότιο τμήμα του νησιού. Τον περασμένο αιώνα ανακαλύφθηκε ο Δίσκος της Φαιστού, ο οποίος φέρει ιερογλυφική γραφή που δεν έχει μέχρι σήμερα αποκρυπτογραφηθεί πλήρως και αποτελεί μία από τις σημαντικότερες αρχαιολογικές ανακαλύψεις στον Ελλαδικό χώρο.
Το Μινωικό Ανάκτορο της Ζάκρου βρίσκεται 146 χιλιόμετρα ανατολικά του Κουτουλουφαρίου στον νομό Λασιθίου. Η Ζάκρος ήταν σημαντικό εμπορικό κέντρο κατά τους Μινωικούς χρόνους λόγω της στρατηγικής της θέσης. Ανασκαφές που έχουν πραγματοποιηθεί στην περιοχή αποκάλυψαν πλάκες από πηλό με επιγραφές της Γραμμικής Α, καθώς και έναν λαβύρινθο παρόμοιο με αυτούς της Κνωσού και της Φαιστού.
Ο αρχαιολογικός χώρος της Γόρτυνας βρίσκεται 72 χιλιόμετρα νοτιοδυτικά του Κουτουλουφαρίου. Η πόλη της Γόρτυνας γνώρισε ιδιαίτερη ανάπτυξη κατά τους Μινωικούς χρόνους και ήταν επίσης η πρωτεύουσα του νησιού κατά τους Ρωμαϊκούς χρόνους. Ανασκαφές στην περιοχή αποκάλυψαν ερείπια του Ρωμαϊκού Θεάτρου, ναούς αρχαίων Ελλήνων και Αιγυπτίων θεών, νομίσματα και άλλα ευρήματα. Οι επισκέπτες μπορούν μέχρι σήμερα να δουν τις επιγραφές του Γορτύνιου Κώδικα, που αποτελεί την παλαιότερη και πληρέστερη μορφή αρχαιοελληνικού νόμου. Σύμφωνα με την ελληνική μυθολογία, ο Δίας απήγαγε την πριγκίπισσα Ευρώπη και συνήψαν σχέση κάτω από έναν πλάτανο, που βρίσκεται μέχρι και σήμερα στην Γόρτυνα.
Ο αρχαιολογικός χώρος των Μαλίων βρίσκεται 7 χιλιόμετρα ανατολικά του Κουτουλουφαρίου, κοντά στο δημοφιλές τουριστικό θέρετρο. Οι επισκέπτες μπορούν να δουν ερείπια του Μινωικού ανακτόρου και ενός Ρωμαϊκού οικισμού. Στον χώρο έχουν ανακαλυφθεί πολλά σημαντικά ευρήματα, όπως ένας μεγάλος πέτρινος κέρνος, μία μαρμάρινη σαρκοφάγος και περίτεχνα χρυσά κοσμήματα.
Μουσεία
Το Αρχαιολογικό Μουσείο Ηρακλείου είναι ένα από τα μεγαλύτερα μουσεία της Ελλάδας και από τα σημαντικότερα της Ευρώπης. Θεωρείται το κατεξοχήν μουσείο του Μινωικού πολιτισμού και η συλλογή του περιλαμβάνει πολλά αριστουργήματα της Μινωικής τέχνης, όπως πήλινα αγγεία, σκαλιστά και μεταλλικά αντικείμενα και έργα γλυπτικής που ανακτήθηκαν από ανασκαφές σε θέσεις του Μινωικού πολιτισμού στο κεντρικό και ανατολικό τμήμα της Κρήτης. Στο μουσείο εκτίθενται ακόμη αντιπροσωπευτικά αντικείμενα από όλες τις περιόδους της Κρητικής προϊστορίας και ιστορίας.
Το Ιστορικό Μουσείο Ηρακλείου φιλοξενεί μία μεγάλη συλλογή αντικειμένων ιστορικής αξίας (έγγραφα, εικόνες, έργα γλυπτικής, νομίσματα κ.ά.), τα οποία προέρχονται από την Παλαιοχριστιανική περίοδο μέχρι την σύγχρονη εποχή. Οι επισκέπτες του μουσείου μπορούν επίσης να θαυμάσουν δύο ζωγραφικούς πίνακες του παγκοσμίου φήμης καλλιτέχνη Δομήνικου Θεοτοκόπουλου (El Greco).
Στο Μουσείο Εκκλησιαστικής Τέχνης οι επισκέπτες μπορούν να βρουν μία αντιπροσωπευτική συλλογή έργων της Βυζαντινής και μετα-Βυζαντινής κρητικής τέχνης, όπως εικόνες, χειρόγραφα, αγγεία και πίνακες. Το μουσείο στεγάζεται στον ναό της Αγίας Αικατερίνης των Σιναϊτών, ο οποίος υπήρξε σημαντικό πολιτιστικό κέντρο του νησιού κατά την εποχή της Ενετικής κατοχής (13ος – 17ος αιώνας μ.Χ.).
Το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας Κρήτης είναι ένα πρωτοποριακό ίδρυμα που διοικείται από το Πανεπιστήμιο Κρήτης και αποτελείται από πέντε τμήματα. Σκοπός του ιδρύματος είναι η προστασία αλλά και η προώθηση των ιδιαίτερων οικολογικών χαρακτηριστικών της Ανατολικής Μεσογείου.
Το Μουσείο «Νίκος Καζαντζάκης» βρίσκεται 40 χιλιόμετρα νότια του Κουτουλουφαρίου και είναι αφιερωμένο στον σπουδαίο Κρητικό συγγραφέα, διανοούμενο και φιλόσοφο.
Το Αγροτικό Μουσείο του Πισκοπιανού στεγάζεται σε ένα αναπαλαιωμένο ελαιοτριβείο και φιλοξενεί μία συλλογή τοπικών παραδοσιακών αντικειμένων, προερχόμενων κυρίως από την αγροτική και κτηνοτροφική ζωή του περασμένου αιώνα.
Σε απόσταση περίπου 3 χιλιόμετρα ανατολικά του Κουτουλουφαρίου, βρίσκεται το Μουσείο Παραδοσιακής Ζωής και Λαϊκού Πολιτισμού «Λυχνοστάτης», για τους επισκέπτες που θέλουν να εξοικειωθούν με την Κρητική παράδοση και πολιτιστική κληρονομιά.
Ο «Θαλασσόκοσμος» (CretAquarium) βρίσκεται 8 χιλιόμετρα δυτικά του Κουτουλουφαρίου. Οι επισκέπτες έχουν την ευκαιρία να θαυμάσουν εκατοντάδες είδη ζωντανών οργανισμών, πραγματοποιώντας ένα συναρπαστικό ταξίδι στον θαλάσσιο κόσμο της Μεσογείου.